5세기경부터 로마제국은 쇠퇴하기 시작했고 유럽은 암흑시대로 접어들었다. 의사들이 미신과 종교에 빠지면서 그리스와 로마의 의학 지식은 유럽에서 잊혀져 갔다. 그러나 그리스와 로마의 전통은 완전히 사라지지 않고 북아프리카와 중동 지역에서 보존, 발전되었다. 431년에 콘스탄티노플의 주교 네스토리우스는 교회로부터 이단 선고를 받았다.
네스토리우스와 그를 따르던 사람들은 콘스탄티노플에서 쫓겨나 페르시아(지금의 이란)으로 갔다. 그들은 그리스, 메소포타미아, 페르시아의 곳곳에 의학교를 세웠다. 또한 그리스와 로마의 의학서를 아랍어로 옮겼다. 네스토리우스와 그를 따라던 사람들은 쫓아낸 콘스탄티노플에서도 그들을 본받아 가난한 사람들을 위한 병원을 세웠다. 7세기부터 이슬람교의 창시자인 예언자 마호메트의 추종자들이 페르시아, 중동, 북아프리카, 에스파냐 일부 지역에 쳐들어갔다. 그들은 아랍어로 옮긴 그리스와 로마의 의학서를 받아들였고, 바그다드, 이집트의 카이로, 에스파냐의 코르도바 등지에 의학교와 병원을 세웠다.
서진, 동진, 서진 : 서양의 의학 지식은 이집트, 그리스, 로마에서 성장했다. 의학 지식은 로마제국의 힘이 약해지면서 북아프리카와 중동으로 옮겨 갔다. 의학지식은 아랍어 번역물로 보존, 보완되었는데, 서양의학의 새로운 중심지는 이슬람의 중심지였던 바그다드, 카이로, 코르도바였다. 12세기 무렵부터 유럽의 학자들이 아랍 문헌을 라틴어로 번역하기 시작하면서 고대 의학 지식은 유럽으로 되돌아왔다.
숙련된 외과 의사 : 이슬람에는 결석 제거 수술부터 백내장 수술까지 많은 수술이 이루어졌다. 그러나 숙련되지 않은 사람이 수술을 하는 경우가 많았다. 유명한 외과 의사는 아부 알카심(936~1013)이 있는데, 그는 처음으로 그림으로 그린 외과 입문서 방법을 썼다. 숙련된 외과 의사들은 18세기 페르시아에서 쓰던 수술 도구와 비슷한, 정교하게 만들어진 수술 도구를 사용했다.
아랍의 저술가 : 라제스(865~923)는 페르시아와 바그다드에서 활동했다. 천연두와 홍역이 다르다는 것을 처음 알아냈으며, 영양 많은 음식과 같은 간단한 처방을 내렸다. 그는 많은 의서를 남겼다. 이븐 시나(980~1037)는 아마도 가장 유명한 이슬람 의사일 것이다. 그가 쓴 <의학대전>은 단어 수만도 100만 개에 이르는 방대한 양이다. 나중에 라틴어로 옮겨져, 갈레노스의 책에 버금가는 교재가 되었다.
조제 : 아랍 의학은 장뇌, 몰약, 차풀, 정향 따위를 포함한 광범위한 천연 약재로 유명하다. 치료제를 만드는 가장 일반적인 방법은 공이로 재료를 빻아서 만병통치약이나 시럽, 향유 같은 부재료와 섞는 것이었다. 어떤 약재는 필요한 성분을 추출하려고 물이나 기름이나 알코올 속에 넣어 우려내기도 했다.